تدشين نظام الدانة الإلكتروني والذي يعتبر من أوائل الأنظمة المستخدمة عالمياً في المعارض ويهدف إلى تطوير الإجراءات الجمركية وتبسيطها على المشاركين، مما يسهم في تيسير وتبسيط الإجراءات وخفض الوقت المستغرق لإنهاء إجراءات المشاركين.
أصدر معالي الشيخ أحمد بن حمد آل خليفة رئيس شئون الجمارك قرار رقم (7) لسنة 2018م بشأن الوثائق الواجب إرفاقها مع البيانات الجمركية والمعلومات التي يجب أن تتضمنها هذه الوثائق والشروط الواجب إتباعها في هذا الشأن حيث نصت المادة رقم (1) في القرار على إن يُرفق مع البيان الجمركي في حالتي الاستيراد والتصدير عند التخليص على أية بضاعة وثيقتين فقط، وهي بوليصة الشحن والفاتورة. وقد بذلت شئون الجمارك جهوداً كبيرة لتخفيف هذه الأعباء من خلال صدور القرارات المساهمة في تيسير عملية التخليص الجمركي في ظل التوجيهات السديدة للحكومة الرشيدة، وفي طور تطوير الأداء المؤسسي التي تنتهجه ودعما لكافة الأعمال الاستثماريّة وتيسيراً للتجارة الإقليمية والعالمية من خلال تهيئة بيئة تنافسية تسعي لتحقيق المهنية والعمل المُشترك.
تم تدشين نظام التخليص المسبق في الأول من شهر إبريل، وذلك بهدف تيسير الحركة التجارية عبر جسر الملك فهد والتقليل من الوقت المستغرق لانتظار سائقي الشاحنات لإتمام عملية التخليص الجمركي، حيث استهدف النظام التجار، المستوردين، بالإضافة إلى الأفراد الذين يقومون بنقل السيارات عبر الجسر.
كما وقعت شئون الجمارك عقد توريد وتركيب أجهزة الكشف بالأشعة للحاويات والشاحنات مع شركة أس.جي.أس (SGS) السويسرية لتزويد شئون الجمارك بعدد (4) ماسحات من نوع نيوكتك (Nuctech) بواقع جهازين لتفتيش الشاحنات بجسر الملك فهد وجهازين لتفتيش الحاويات بميناء خليفة بن سلمان، باعتبارها من أجهزة الجيل الأحدث على مستوى الماسحات الضوئية للحاويات على مستوى العالم.
قام معالي رئيس الجمارك الشيخ أحمد بن حمد آل خليفة بتدشين إستراتيجية شئون الجمارك للأعوام 2017 - 2020 والتي روعي فيها الانسجام مع الرؤية الاقتصادية 2030، وما إشتمل عليه برنامج عمل الحكومة خلال الملتقى الحكومي الأول العام الماضي ، بالإضافة إلى توجهات منظمة الجمارك العالمية للأعوام القادمة ، وجاءت الإستراتيجية ، نتاج دراسة علمية ومهنية، تلبي متطلبات العمل وتضع الخطوط العريضة والأسس العامة للعمل الجمركي، من خلال التركيز على عدد من المبادئ ، أهمها التوثيق والوضوح في تدوين الإجراءات العملية لتكون الإستراتيجية ، مرجعاً معتمداً ، بهدف إرساء الشفافية والمؤسسية في العمل.
تم تدشين نظام النافذة الواحدة للتخليص الجمركي "أفق"؛ وهو نظام تقني مبني على معايير منظمة الجمارك العالمية، ويستخدم هذا النظام الآن في جميع منافذ المملكة و الذي يتم تطويره بصورة دورية حسب متغيرات العمل لضمان تسهيل التجارة في مملكة البحرين.
يعتبر ميناء خليفة بن سلمان أحد المنافذ النموذجية الأولى للإتحاد، والذي تم إفتتاحه على أحدث طراز وبمرافق عالية المستوى في عام 2009.
انتقلت تبعية شئون الجمارك من وزارة المالية إلى وزارة الداخلية منذ تعيين وزير الداخلية الفريق أول معالي الشيخ راشد بن عبدالله آل خليفة.
إنضمت مملكة البحرين إلى الإتحاد الجمركي بين دول مجلس التعاون الخليجي، والذي له أثر كبير في حركة التجارة في الخليج العربي.
تاريخ 18 ابريل 2001م اعتماد الانضمام الى منظمة الجمارك العالمية.
تاريخ 27 فبراير 2001م، صدر المرسوم بقانون رقم (13 لسنة 2001) بالإنضمام إلى إتفاقية إنشاء مجلس التعاون الجمركي.
انضمت مملكة البحرين إلى الاتفاقية العامة للتجارة والتعرفة الجمركية (GATT) والتي على ضوئها انضمت وصادقت على وثيقة تأسيس منظمة التجارة العالمية في مدينة مراكش 15 أبريل 1994م، وتم تطبيق نظام المسارات الأحمر والأخضر بصالة التفتيش بمطار البحرين الدولي، وذلك رغبة من الجمارك بمسايرة الأنظمة الجمركية العالمية ولزيادة تسهيل إنهاء الإجراءات الجمركية للقادمين.
تم افتتاح جسر الملك فهد في عام (1986) الذي يربط مملكة البحرين بالمملكة العربية السعودية الشقيقة، فأصبح المنفذ البري يشكل عاملاً أساسياً في التجارة الخارجية، وكان للجمارك دور حيوي في إنجاح وتشغيل هذا الجسر، حيث تم إنشاء قسم جمركي لشحن البضائع (منفذ الشحن البري ) يعمل على مدار الساعة، و زود بعدد من ضباط الجمارك بعضهم من خريجي المعاهد الجمركية والمتدربين على أساليب التخليص البري.
انضمت مملكة البحرين إلى اتفاقية مجلس التعاون الخليجي الاقتصادية والتي تدعم توحيد السياسات الاقتصادية للدول الستة الأعضاء بالمجلس، وأيضاً تم إدخال معدات المسح الضوئي باستخدام الأشعة السينية للإسراع بعمليات التخليص حيث حلت محل نظام التفتيش والتخليص اليدوي، إلا أنه تم إستخدام نظام التفتيش اليدوي عند اكتشاف الماسحات بالأشعة لأغراض مشبوه فيها، ومازالت هذه الخدمة مستمرة لغاية الآن مع الأخذ بالإعتبار عملية التطور والتحديث.
تم افتتاح ميناء سلمان في جنوب شرق مدينة المنامة وأصبح الميناء الرسمي للبحرين والذي أتاح الفرصة لسفن الحاويات الكبيرة بالرسو في البحرين لأول مرة، كما تم إرساء مناقصة توسعة مداخل ميناء سلمان، وفي إطار توسعة الميناء تم افتتاح الرصيف العائم الذي يتسع لرسو باخرتين في ميناء سلمان، وقد افتتحه المغفور له أمير دولة البحرين الراحل سمو الشيخ عيسى بن سلمان بن حمد آل خليفة.
قام حاكم البحرين الشيخ سلمان بن حمد بن عيسى بن علي آل خليفة بإنزال أول إسطوانة خرسانية من الإسمنت معلناً بذلك البدء في مشروع ميناء سلمان في جنوب شرق المنامة، وقد استغرق العمل في ميناء سلمان عدة سنوات.
أصدرت حكومة البحرين أول قانون جمركي في منطقة الخليج العربي، وتلته بإصدار العديد من القواعد واللوائح المتعلقة بالجمارك بسبب زيادة حجم التجارة وهذه الزيادة أدت إلى تشييد ميناء سلمان وميناء الجفير في عام 1957م.
تم حل مشكلة الشحن والتفريغ بفرضة المنامة وفي 8 إبريل 1947م تم عقد اجتماع في المنامة برئاسة حاكم البحرين آنذاك الشيخ سلمان بن حمد آل خليفة (1942-1961م) وحضره حوالي 30 تاجراً بارزاً من تجار البحرين من أجل وضع حل لمشكلة إجراءات وترتيبات عملية إنزال بضائعهم في فرضة المنامة، الميناء الرئيسي في البحرين في ذلك الوقت، وقد طرح التجار في هذا الاجتماع اقتراحاتهم ومطالبهم بعد تذمرهم من احتكار شركة غري ماكنزي المحدودة لهذه العملية، حيث تم خلال هذه الفترة تزويد الميناء بأول رافعة لاستخدام الميناء.
افتتح المغفور له حاكم البحرين آنذاك الشيخ حمد بن عيسى آل خليفة مبنى دائرة جمارك البحرين قرب فرضة المنامة وذلك قبل بناء مبنى باب البحرين، وكانت دائرة الجمارك تقع على يمين شارع الحكومة مقابل مبنى شركة البحرين للملاحة والتجارة الدولية والذي كان شارع الحكومة يفصله عن البحر، أي أن موقع مبنى دائرة الجمارك القديمة يقع على يمين مبنى البريد بالمنامة حالياً.
قام المغفور له بإذن الله تعالى نائب حاكم البحرين الشيخ حمد بن عيسى بن علي آل خليفة بإلغاء نظام الالتزام وإنشاء إدارة جمركية في عام 1923، وذلك رغبة منه في دفع إصلاحات تنظيمية.
1888: في عهد المغفور له حاكم البحرين آنذاك الشيخ عيسى بن علي آل خليفة أوكلت مهمة إدارة الجمارك وجمع الضرائب إلى تاجر هندي بارز، وكانت تجربة ناجحة وطبقتها الدول والإمارات المجاورة مثل الشارقة وعمان، واستمر التاجر الهندي في تحصيل الضرائب والرسوم الجمركية والالتزام بدفع مبلغ معين للحاكم مدة 35 عاماً.
1904: أمر المغفور له حاكم البحرين آنذاك الشيخ عيسى بن علي آل خليفة ببناء رصيف حجري قدرت تكاليفه بنحو 30 ألف روبية، وتم فرض رسوم مناسبه على استخدامه وذلك بهدف تطويره من أجل سرعة نقل وشحن البضائع..
1917: شهد جهاز الجمارك نقلة تنظيمية نوعية خاصة حيث تم بناء أول مبنى جمركي مقابل باب البحرين، وكان في البداية عبارة عن ( جبرة) ثم تم تشييد مبنى واستمرت عملية التطوير إلى أن بُنى ميناء سلمان.